Di tengah pandemi Covid-19 pendidikan dituntut kreativitas dan berinovasi demi tetap melayani generasi penerus bangsa sehingga tetap mendapatkan ilmu pengetahuan. Hal inilah yang terus dilakukan baik oleh pemerintah maupun sekolah dan masyarakat.
Sebagai sekolah dengan peserta didik yang tersebar di beberapa kabupaten Nusa Tenggara Timur (NTT), SMA Kristen Pandhega Jaya tetap berusaha memberikan pelayanan pendidikan dengan metode online melalui beberapa aplikasi yang ada. Hal ini dilakukan melalui rapat guru dan karyawan awal tahun pelajaran 2020/2021 yang bersiap memulai kelas online ini pada 20 Juli 2020.
Orang tua siswa menyambut baik setelah dilakukan sosialisasi terlebih dahulu karena memahami situasi yang masih berlangsung saat ini, yakni pandemi covid-19 sehingga para siswa yang belum berada di sekolah tetap belajar dari rumah tanpa mengurangi kualitas materi pembelajaran dan bagi siswa yang berada di sekolah tetap mengikuti kelas online di laboratorium komputer.