Excellent Leader Training (ELT) bersama Yayasan Tefila Indonesia beberapa kali menggelar pelatihan kepemimpinan. Pada pertengahan 2010, seusai pelatihan, Bapak Budi Utomo mengusulkan kepada Bapak Anton Darmawan dan Bapak David Novandi untuk mendirikan sekolah di Kupang. Kendati belum memiliki pengalaman maupun modal, Bapak Anton Darmawan bersedia memimpin proyek tersebut di bawah naungan Yayasan Pandhega Jaya.

Dengan keterbatasan sumber daya, tim pemuda dari komunitas SMCC dan ELT merintis pembangunan SMAKr. Pandhega Jaya secara sukarela. Momen penting terjadi ketika Ibu Elisabeth Devi Dwi Dutavire dan Bapak Hizkia Ade Kurniawan memutuskan untuk mengabdikan diri secara penuh. Ibu Devi diangkat sebagai Kepala Sekolah dan menyusun sistem akademis bersama dua pendidik asli NTT, Ibu Jeni Rodiani Mau dan Bapak Samuel Meha.

Pembangunan fisik dan persiapan sistem akademis berjalan berdampingan hingga sekolah resmi membuka penerimaan murid pada Maret 2014 dengan 22 siswa sebagai angkatan pertama. Mengusung kurikulum karakter Kristiani dan sistem asrama (boarding school), sekolah berhasil membuktikan kualitasnya melalui perubahan positif pada diri siswa. Dampaknya, pendaftar melonjak pada tahun kedua meski kapasitas sekolah hanya dapat menampung 25 siswa.

Saat ini, SMAKr. Pandhega Jaya telah mendapatkan kepercayaan di mata masyarakat. Pembangunan dan pengembangan terus dilakukan demi mencetak generasi pemimpin bangsa yang unggul.